Jedno z najbardziej znanych wydarzeń z życia Jana Bożego dotyczy szpitala królewskiego w Grenadzie, gdzie Jan trafił po wysłuchaniu kazania św. Jana z Ávili.
3 lipca 1549 roku wydawano tam ucztę na cześć pewnej arystokratki. Kucharze rozpalili zbyt duży ogień w największym palenisku – od płomyka zajęła się sosnowa belka, a ponieważ był sam środek gorącego lata, ogień błyskawicznie się rozprzestrzeniał. Po chwili cały budynek stanął w płomieniach. Na miejsce tragedii pobiegł także Jan Boży i rzucił się na ratunek chorym. Jeden ze świadków procesu beatyfikacyjnego tak opisywał to, co zobaczył:
Wesprzyj nas już teraz!
Kiedy przybiegłem, zobaczyłem Jana Bożego, jak wchodził i wychodził wśród płomieni, wynosząc na plecach niedołężnych chorych, a potem, jak przez okna wyrzucał łóżka. Dokonywał rzeczy nadzwyczajnych, chciałem pójść mu pomóc, ale strach, że stanę się ofiarą płomieni, przykuł mnie do miejsca, w którym stałem. Kiedy Jan Boży krążył w środku, podniosły się naraz tak wielkie płomienie, że otoczyły go ze wszystkich stron. Pomyśleliśmy z ogromną boleścią, że spalił się, lecz nagle wyszedł spomiędzy płomieni bez żadnej szkody ani rany. Radowaliśmy się wszyscy; w końcu ogień stracił na sile i wreszcie zgasł.
Fakt, że Jan Boży wyszedł z pożaru bez szwanku, został od razu uznany za cud. Kościół uwiecznił to wydarzenie – podczas nabożeństwa w dniu św. Jana Bożego (8 marca) w lekcji drugiego nokturnu padają słowa:
Jan Boży rzucił się w ogień dla ratowania chorych, pozostał pośród ogromnych płomieni i wyszedł z nich w końcu nietknięty dzięki opiece Boskiej i ku podziwowi wszystkich mieszkańców… ucząc miłosierdzia, pokazał w ten sposób, że ogień zewnętrzny miał nad nim mniej władzy niż ogień, który go palił od wewnątrz.
W czasie kanonizacji Jana Bożego, 16 października 1690 roku, główny ołtarz Bazyliki Świętego Piotra w Rzymie zdobiło olbrzymie płótno przedstawiające ten cud.
Z początkiem roku 1550 Jan zachorował. Nie zaprzestał jednak posługi chorym. Choć trawiła go gorączka i ledwo trzymał się na nogach, nadal przemierzał ulice i spotykał się z darczyńcami. Dopiero w lutym jego stan pogorszył się na tyle, że nie mógł wstać o własnych siłach, a mimo to nadal pomagał swoim podopiecznym i pisał listy, za pomocą których załatwiał różne sprawy. Ostatni list, będący rodzajem testamentu adresował do księżnej de Sesa. Oto ostatnie słowa Jana Bożego:
Droga siostro w Jezusie Chrystusie, choroba moja sprawia mi wiele cierpienia i nie pozwala mi więcej pisać, pragnę nieco odpocząć, aby móc później napisać obszerniej, gdyż nie wiem, czy jeszcze się zobaczymy. Niech Jezus Chrystus będzie z tobą i twoją rodziną…
Jedna ze szlachetnych dam, regularnie wspierająca szpital, postanowiła zabrać go do siebie, aby zapewnić mu lepsze warunki i spróbować leczenia – dotychczas Jan cierpiał, leżąc na gołej ziemi z koszem zamiast poduszki i bez koca (a był luty!). Choć Jan mocno protestował, w końcu udało się go przekonać do zadbania o własne zdrowie. Opuszczając swój szpital, mówił do swoich podopiecznych: bracia moi, zostańcie w pokoju, a jeżeli się już nie zobaczymy, módlcie się za mnie…. Na te słowa wzmogły się rozpaczliwe krzyki i żale – żaden z ubogich nie chciał rozstawać się ze swoim „ojcem”.
7 marca przybył do Jana Bożego arcybiskup Grenady – Jan Boży pragnął spowiedzi. Wyznał na łożu śmierci, że trapią go trzy rzeczy:
Pierwsza: że tak słabo służyłem naszemu Panu, otrzymawszy od Niego tak wiele.
Druga: potrzebujący, nawróceni i zatwardziali grzesznicy, których los przyjąłem jako swój własny.
Trzecia: mój niespłacony dług wobec Pana Jezusa Chrystusa.
I nie uspokoił się, dopóki arcybiskup nie obiecał, że osobiście dopilnuje, by te winy nie obciążały go więcej. 8 marca o świcie Jan ostatkiem siły zwlókł się z posłania i uklęknął, przyciskając do piersi swój prosty drewniany krucyfiks: rozpoczął modlitwę, którą przerwała śmierć. Jana Bożego odnaleziono po kilku godzinach – wciąż w pozycji klęczącej. Podobno tylko dwóm świętym w historii Kościoła przypisuje się takie pożegnanie ze światem doczesnym – św. Pawłowi (ściętemu mieczem) i właśnie Janowi Bożemu.
Lope de Vega, jeden z największych hiszpańskich dramaturgów, napisał później o Janie Bożym, że tak bardzo ukochał ubóstwo, że gdyby spotkał anioła i biedaka, zostawiłby anioła, aby przygarnąć biedaka.
Śmierć Jana Bożego odbiła się silnym echem w całej Hiszpanii. Mnożyły się cuda (głównie uzdrowienia), uzyskane dzięki jego wstawiennictwu. Już w 1622 roku rozpoczął się proces beatyfikacyjny, zaś osiem lat później Kongregacja Obrzędów wydała jednogłośnie decyzję o uznaniu Jana Bożego błogosławionym. Uroczystości związane z tym wydarzeniem miały ogromny przepych, a cześć oddawana zakonnikowi rosła z dnia na dzień w całej Europie.
