Franciszek lotaryński, bo tak brzmiało imię tego świętego przed objęciem Stolicy Piotrowej, był synem Gozelona, księcia Lotaryngii, po matce zaś wnukiem Berengara II, króla Italii. Jego brat Gotfryd Brodaty sposobił się do przejęcia władzy po ojcu, Franciszek natomiast rozpoczął edukację w słynnej szkole katedralnej w Liège, zamierzając oddać się posłudze kapłańskiej. W tymże mieście otrzymał godność biskupa i od roku 1041 zarządzał przez kilka lat swą diecezją. Gdy jego imię ozdobiła renoma świątobliwości i erudycji, zwrócił na niego uwagę papież Leon IX, przebywający akurat we Francji, i zabrał hierarchę do Rzymu w roku 1049. Tam biskup Franciszek został kanclerzem Kościoła Rzymskiego i kierownikiem biblioteki papieskiej. Odtąd wątek jego życia został wpleciony w wielkie wydarzenia, które miały zaważyć na dziejach Kościoła i Europy. Należy nadmienić, że już jako biskup w Liège nawiązał kontakt ze środowiskiem reformatorskim w Cluny, z którego wywodził się przyszły wielki książę Kościoła święty papież Hildebrand (Grzegorz VII).
Wpływy kluniackie zdobywały wówczas przewagę w Rzymie, występując silnie o rozwiązanie palących kwestii – symonii (kupczenie urzędami kościelnymi) i nikolaityzmu (rozdarcie księży pomiędzy dwoma stanami – kapłańskim i małżeńskim – co było w tamtych czasach powszechną praktyką, wpływającą – jak świadczą źródła – ujemnie na jakość posługi pełnionej przez żonatych księży). Duchowieństwo związane z wielkim ruchem odnowy skupionym w benedyktyńskim opactwie w Burgundii, doszedłszy do szczytu hierarchii kościelnej, stanęło również przed problemem relacji władzy papieskiej i cesarskiej, w których nastąpił wówczas decydujący przełom.
Sam biskup kanclerz Franciszek towarzyszył Leonowi IX w jego pielgrzymkach po Europie, pełniąc równocześnie różne funkcje dyplomatyczne. W tym czasie nastąpił ostateczny bunt Bizancjum przeciwko prawowitej władzy kluczy świętego Piotra – patriarcha Konstantynopola Michał Cerulariusz odmówił posłuszeństwa Stolicy Świętej, Franciszek zaś w towarzystwie dwóch innych biskupów udał się Bizancjum, by uroczyście ogłosić anatemę, którą następca świętego Piotra rzucił na zbuntowanego wschodniego hierarchę. Stanowiło to jedynie przypieczętowanie pogłębiającego się od paru wieków rozdziału Kościoła Świętego i schizmy wschodniej, która wówczas stała się faktem. Wracając z wyprawy, ścigany gniewem wyklętych schizmatyków, spotkał się dodatkowo z niechęcią cesarza Henryka III, będącego w konflikcie z jego bratem Gotfrydem. Franciszek był zmuszony schronić się w klasztorze na Monte Cassino, stamtąd znów uchodził w inne miejsca ścigany przez cesarza – zaś po jego śmierci powrócił do Monte Cassino i został opatem w roku 1057.
Mianowany kardynałem-prezbiterem kościoła świętego Chryzogona przez Wiktora II – po śmierci tego papieża został przez kardynałów w Rzymie obrany jego następcą i rozpoczął rządy jako Stefan IX. Panował bardzo krótko, bo niespełna osiem miesięcy, z powodu choroby, na jaką cierpiał już przed wyborem na tron Piotrowy – jednak już sam wybór tego papieża był znamienny, była to bowiem pierwsza w owych czasach nominacja papieska dokonana bez zgody cesarskiej. Wywołało to oburzenie w środowisku skupionym wokół panującej wówczas regentki Agnieszki, wdowy po Henryku III. Mimo że w jakiś czas potem regentka w imieniu Cesarstwa Rzymskiego Narodu Niemieckiego zatwierdziła ten wybór, zaogniło to konflikt mający wybuchnąć tzw. sporem o inwestyturę. Stefan IX wezwał do pomocy już wówczas słynnego z walki o wolność Kościoła brata Hildebranda i wraz z nim przystąpił do kodyfikowania zasad wyboru papieża, aby uchronić tę decyzję od wpływu cesarza czy arystokracji rzymskiej. Zwołał też kilka synodów, na których porządkowano sprawę kanonicznego i uczciwego nadawania godności kościelnych oraz małżeństw księży.
Święty Stefan IX planował wznowić rokowania z Konstantynopolem dla zakończenia schizmy – realizacja jednak tego i innych zamierzeń została przerwana przez przedwczesną śmierć papieża, która zastała go we Florencji. Przed śmiercią nakazał kardynałom zaczekać na przybycie Hildebranda przed obraniem swego następcy. Jego doczesne szczątki zostały złożone w kościele świętej Reparaty we Florencji (w miejscu tym obecnie znajduje się bazylika Santa Maria del Fiore).
.
Kościół wspomina św. Stefana IX w dniu 29 marca.
FO
